Soal Uji Kompetensi Praktek Bioinformatika jurusan Biologi FMIPA UNS
Soal Uji Kompetensi Praktek Bioinformatika
soal dalam format doc (MsWord dpt didownload di sini : http://sutikno.blog.uns.ac.id/files/2010/01/soal-uji-kompetensi-praktek-bioinformatika.doc)
- Carilah dan download sekuens nukleotida dg accession Number berikut: AB485685.1; AB485692.1; AB478782.1; AB485687.1; GU109270.1. Gen-gen apa ini, dan berasal dari organisme apa? (nilai 5) Buat alignment dari sekuens2 tsb dan jelaskan kekerabatan dari gen-gen tersebut! (nilai 10)
- Carilah dan download sekuens asam amino dg accession Number berikut: ABD91578.1; AAF02819.1; CAA74745.1; AAG21133.1; CAA60170.1. Protein-protein apa ini, dan berasal dari organisme apa? (nilai 5) Buat alignment dari sekuens2 tsb dan jelaskan kekerabatan dari gen-gen tersebut! (nilai 10)
- Berikut adalah hasil sekuens gen penyandi 16S rRNA dari isolat bakteri (3a,3b, 3c) yg tidak diketahui spesiesnya.
>3a
TGGAgCTTGCTCTGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTgCCCCTGACTCTGGGATAAGCGCTGGAAACGGCGTCTAaTACTGGATATGTCCCGTCACCGCATGGTGTGCGGGTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGCAGGGAAGAAGCGAGAGTGACGGTACCTGCAGAAAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGTCTGTCGCGTCTGCTGTGAAATTCCGAGGCTCAACCTCGGGCTTGCAGTGGGTACGGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGGGTGGGGAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGGAACTAGTTGTGGGGTCCTTTCCACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATACACGAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTGAACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCTATGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCATGGGATACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAATGGGCTGCGATACCGTAAGGTGGAGCGAATCCCAAAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCaAcTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGC
>3b
TGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGAGAACGGCTTTCTGGGATTGGCTCCACCTCGCGGCTTCGCTGCCCTTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAACTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCAACCAAATGCTGGCAACTAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACCCCTGCCCCCGAAGGGGAAGGTACATCTCTGTACCGGTCAGGGGGATGTCAAGAGTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGACCGTACTCCCCAGGcggAgTGCTTAATGCGTTAGCTTCAGCACTGAAGGGCGGAAACCCTCCAACACCTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTATAGGCCAAAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTTCTCTCCTATACTCAAGCCTCCCAGTTTCCAATGGCCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAgAGGCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAaCGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCGCAAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCAtTGCCTGCGGcACTTGTTCTTCCcTTACAACAgAACTTtACgACCCGAAaGCcTTCATCGTTcACGCG
>3c
ANGCGGCGGACGGGTGAGNAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGG
AAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTC
GCGTCAGGATATGCCCAGATGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGA
CGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC
TCCTACGGGAGGCAGCANTGGGGAATATTNCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATG
CCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTGGTA
GTGTTAATAGCACTATCATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCC
AGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCA
TGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTTGCATTT
GAAACTGGCAATACTAAANGTACTGTTAGAGNGGGGGTAGAATTTCANGTGTAANCGGGT
GAAATGCGGTAAANATCTTGAANGAATACCGGTGGCGAAAGGCGGGCCCCCTGGACAAAT
ACTGAACACTCAGANGCNGAAAGNCGNGGGGGAANCAANCAGGATTANATNNCCCTGGNT
ANTCCACCTCCGTAAACNAATGTTTACTTTGGNANGGTTNTNGNCNTTTGANCCCGNGGG
NTTTTCGGAAACTNANCCCGTTTAANTNAAACCGCCTTGGGGANNTCCCGNCCNCAGAAT
TTAAAAACNCNAGATNAATTTNGNCGNGGGCCCCCCCNAANCGGGTGNAANATNGTGGTT
TTAATTTCNAATNCCACCCCGAAANANCCCTTACCTNCTCNTTNGNATTNCCNAAAAATT
TNCCAAANTTNCTTTNNNGCNTCGGAAANNTCAAAACGGNNGCTTCATNGTCGNTNCCCC
ACNNNTNTGATAAAATGNTGGGGTNAANCCNNCNNAGGNCNANCCTTTNTCTTTTTTTCG
CNNCANTAGNTNNGGAAATNNCAGGNAAAANNCCNNGNAAAANCNNAANTANGTNGGAGA
NANTTNNATTTTATTGGNCCTATAATANGGGAACNACCNNNCTNANGNCGCNCAAAANGG
GGCCGTTTTNGAAANATNNNTNCCCAAATNNTNTANTCNTANAAANTGNNNCNNNNCGNT
TNNNACCTTANTAGGGNCAAAAACCNNNANTNTANCNNNTTTNNCCCCNCNNAANAANAN
NCCNNGCCNNNAAAAATTNNNACNAC
>3d
CTTCGGGTCTGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACGTGCCCTCTTCTGCGGAATA
GCCACTGGAAACGGTGAGTAATACCGCATACGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGGAGGA
GGATCGGCCCGCGTTGGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGCCTACGATCC
ATAGCTGGTTTTAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC
GGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTAGACAATGGGCGCAAGCCTGATCTAGCCATGCCGCGT
GAGTGACGAAGGCCCTAGGGTCGTAAAGCTCTTTCGCCTGTGATGATAATGACAGTAGCA
GGTAAAGAAACCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGTTAGCG
TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCANAAAGTTGGGGGTGAAAT
CCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTCCAAAACTTCTGGTCTGGAGTTCGAGAGAGGTGA
GTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAGCACCAGTGGCGAAG
GCGGCTCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACACCGTAAACGATGAATGCCAGTCGTCGGCGCGCATGCGTGTC
GGTGACACACCTAACGGATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAACTC
AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTANTTCNAAGCAGCGC
GCAAAACCTTACNACCCTTGACATCCTGATCGCGGTGAGTGGANACACTTTCCTTCANTN
CGGCTGGATCANTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCCTCNCCTCNTGTCGTGAAATGTTCGG
TTAATTCCGGAACNACGCANCCCAATNCCTATTGCCACANTTCGCTTGGNCCTCTNTGNA
ACTGCCCTGANAACNGGAAGAANGTNGGATAANTCAATCCNTTGNCCTNCGGTTGGCTAC
CCNTGCTAATGGGGGGANANGGNTATCCCNAANCCCTCCATTCGATGGGGTNGCACTCNC
CCTTAAATCGATCCTATATCCNTAAANTNACNGGGATCNTTCCGGCTTTTACCCCCCATC
NTANAATTCCGCCCCTGNGNCNCATNGGNANNCCNCNTGGAGNANNTGNATTTTANGNCC
Bandingkan dg sekuens yg ada di database, isolat-isolat tsb paling dekat kekerabatannya dg spesies apa? (nilai 20)
- Berikut adalah hasil sekuens dari suatu gen yg tidak dikenal : Bandingkan sekuens tsb dg database protein.
>soal4
aaaaaatttg gagcaaatga agtattgaga gatattaatc ttactgttga aaagggtgaa
gtggttgcaa taattggacc atctggaagt ggtaaaagca ctttactccg ttgtatgaat
ttgttagatg taccttcaaa aggtaaagtt atatttgaag ataatgaatt aactcaacat
aatgttcatt tagataattt acgacaaaaa atgggtatgg tatttcaaaa ttttaattta
tttcctcata aaaaggtcat tgaaaatgta atgttggcac cacttttatt acataaagat
agtaaagatc aattaaaaga gaaagcttta tatttacttg aaaaagtggg gcttaaagac
aaagcagatt catatcctaa tcaactgtct ggaggtcaaa aacaaagagt tgctattgca
Menyandikan protein apakah potongan gen tersebut? (nilai 5) Berasal dari organisme apa? (nilai 5)
- Berikut adalah hasil sekuens dari suatu potongan gen yg tidak dikenal.
>soal5
GTAACAGGAACGAATAAAGTAGGAACTGGTAAAGGTGTATTAGGAGATACGAAATCGCTTAATACAACGT
TATCTGGGTCATCTTACTACTTGCAAGATAATACGCGCGGGGCAACAATTTTCACATATGATGCGAAAAA
CCGTTCAACATTACCGGGAACATTATGGGCAGATGCAGATAATGTTTTCAATGCAGCGTATGATGCAGCA
GCAGTAGATGCTCATTTCTATGCTGGTAGAACATATGATTATTATAAAGCTACATTTAATAGAAACTCTA
TTAATGATGCAGGAGCACCATTAAAATCAACAGTTCATTACGGAAGTAAGTATAATAATGCATTCTGGAA
CGGTTCACAAATGGTATACGGAGATGGTGATGGTGTAACATTCACTTCATTATCTGGTGGAATTGATGTA
ATTGGTCACGAATTAACGCATGCTGTTACGGAAAATAGCTCGGATTTAATTTATCAAAATGAATCAGGAG
CGCTAAATGAAGCAATTTCTGATATCTTTGGTACTTTAGTAGAATACTATGATAATCGTAATCCAGATTG
GGAAATTGGTGAAGATATTTACACGCCTGGTAAAGCAGGAGATGCACTTCGCTCTATGAGTGATCCAGCG
AAATATGGTGACCCAGACCATTATTCTAAGCGTTACACTGGTACTAGTGATAACGGTGGGGTTCATACGA
ACAGTGGTATTATTAACAAGCAAGCTTATTTATTAGCAAATGGCGGTACGCATTCTGGTGTAACTGTAAC
TGGTATTGGTAAAGATAAATTAGGTGCGATTTACTACCGTGCAAATACACAGTATTTCACGCAATCTACT
ACATTTAGTCAAGCTCGTGCTGGTGCAGTACAAGCTGCAGCGGATTTATATGGTGCTAGCTCTGCAGAAG
TAAATGCAGTGAAGCAATCATTTAGTGCTGTTGGTATTAAC
Cari di database, gen apakah ini? (nilai 5) Berasal dari organisme apa? (nilai 5)
Petunjuk :
Jawab pertanyaan di atas dalam file word. Serahkan dalam bentuk softcopy di CD beserta lampiran yg diminta:
-Utk no 1 & 2 sertakan file sekuensnya (halaman NCBI) dan kopi dalam format fasta dalam notepad atau word. Sertakan juga file hasil alignmentnya (hasil clustal).
-Utk no 3-5 sertakan file hasil blast-nya.
Nilai kelengkapan lampiran 30.
Sutikno Arthur
Wah… menarik sekali mengingat perkembangan Bioinformatika di Indonesia masih sangat lambat. Uji Kompetensi Praktek Bioinformatika ini hanya untuk mahasiswa FMIPA UNS ya? Kapan diadakannya?
Di UNS sudah beberapa tahun diselenggarakan, silakan kalau ingin tahu lebih banyak atau ada ide untuk mengembangkan bioinformatic di universitas anda, silakan share dengan kami
Owh, tidak diselenggarakan untuk umum ya..?.gif)
Kalau di kampus sy mungkin belum ada ide untuk ke sana, kebetulan saat ini sy sedang kuliah di jurusan Teknik informatika dan memang sangat berminat terhadap Biologi molekular dan perkembangan Bioinformatika (otodidak)..
Apa anda tahu forum aktif yang membahas bidang ini di Indonesia (mulai dari level dasar - expert)?
Pak Sutikno,,
saya irwansyah lulusan teknik elektro bidang IT. dan sekrang saya akan melanjutkan s2 IT, rencana saya mau mengambil tesis saya yang mengarah ke bioinformatika. kira-kira apa yang harus saya pelajari yang berkaitan dengan biologi molekuler pak (yang paling mendasar di biomol) ??
berhubung di fakultas teknik gak pernah belajar ttg biologi ne, jadinya saya benar2 gak ada ilmu biologi pak.
tapi saya sangat berminat sekali belajar bioinformatika. tlong pak share ilmunya dengan saya.
Mari kita bangun masa denpan Indonesia lebih baik lagi ke depan !!!
Pak Irwan yang saya hormati, terima kasih atas kunjungannya ke blog saya. Di UNS juga baru satu tahun mengadakan kuliah bioinformatika.
Saya di sini masih mahasiswa jadi mungkin ilmu nya tidak terlalu banyak. Tapi untuk dasar2 bioinformatika memang diperlukan pemahaman IT dan BioMolekuler. Jadi paling tidak bapak sekarang mempelajari dulu tentang itu. Nanti kalau bapak berkenan, silakan komunikasi dengan dosen saya :
Dr. Artini Pangastuti, M.Si (081393932529). beliau sangat welcome dengan penelitian semacam ini. Silakan saja.
sebagai tambahan anda dapat mengakses situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov untuk melihat database bioteknologi di dunia. Terima kasih